История острова Кижи уходит в глубокую древность. Предками современных кижан были славяне-новгородцы. В X-XI веках они начали осваивать северные края, заселенные прибалтийско-финскими племенами корелой и весью. Напоминанием о вепсско-карельских поселениях являются сохранившиеся до настоящего времени названия соседних с островом Кижи деревень: Корба, Кургеницы, Конда, Лахта и др.
Название острова Кижи имеет прибалтийско-финское происхождение. Существуют два варианта его объяснения. Первый производит название Кижи от карельского слова «кижат» - «игрища». Возможно, в древности на острове находилось языческое святилище, где устраивались ритуальные жертвоприношения, сопровождаемые обрядовыми песнями и плясками. Второе, более простое объяснение, связано с карельским «кииджи» -«водный мох». Такой мох в округе растет только на болоте в центральной части острова Кижи и, в прошлом, широко использовался местными крестьянами для утепления срубных построек.
Древняя история Кижей в период с XI по XV века была частью истории Новгорода - крупного политического, экономического и культурного центра северных славян. Влияние Новгорода способствовало христианизации северного края, причем нередко церкви и часовни ставились на местах древних языческих капищ. Земли окрестностей острова Кижи находились во владении восьми новгородских бояр (в том числе знаменитой Марфы Борецкой). В 1478 году все новгородские владения вошли в состав набравшего силу Московского государства. Новые московские земли делились на пять провинций-«пятин», в состав которых входили округа-«погосты».
Земли острова Кижи и его ближайших окрестностей входили в состав Обонежской пятины и являлись центром Спасо-Кижского погоста, территория которого охватывала южную часть Заонежского полуострова, включая Уницкую Губу Онежского озера. После присоединения новгородских земель к Москве было сделано их описание и составлены так называемые «Писцовые книги». «Погост Спасской в Кижах» впервые упоминается в 1563 году, поскольку более ранние документы не сохранились.
Согласно писцовой книге 1582 года, в Кижском погосте было отмечено 115 деревень живущих и 88 запустевших, т.е. переставших существовать по разным причинам. На острове Кижи в это время существовало 12 деревень. Основными занятиями жителей всех поселений были земледелие и рыболовство. В той же писцовой книге 1582 года впервые упоминаются и кижские храмы: «Погост Спасский в Кижах на Онеге озере, а на погосте церковь Преображенье Спасово, а другая церковь Покров Святии Богородицы». Однако эти храмы не сохранились. Современные церкви Кижского погоста возведены на месте прежних церквей, сгоревших в конце XVII века от удара молнии во время грозы.
В XVI веке в окрестностях острова Кижи кроме главных погостских церквей существовали еще две приходских церкви (в одной из деревень на Великой Губе и на Лычном острове озера Сандал). В непосредственной близости от острова Кижи, на острове Большом Климецком, располагался Клименецкий монастырь, основанный в XVI веке. Постепенно, по мере возникновения новых деревень, образовывались новые приходы и строились новые церкви. К началу XVIII века на территории Спасо-Кижского погоста было уже 12 приходских храмов.
В XVIII веке, после упразднения погостов (в современном русском языке слово «погост» сохранилось в значении «церковь с кладбищем» или «сельское кладбище») как территориальных единиц, из ближайших к острову Кижи земель, была образована Кижская волость Петрозаводского уезда Олонецкой губернии.
На территории волости существовало несколько церковных приходов, самым древним из которых был Кижский приход.
В конце XIX века Кижская волость значительно сократилась по территории и состояла из 47 ближайших к острову Кижи деревень, расположенных по берегам северо-западного берега Климецкого острова, вдоль берега материковой части, на островах Кижи, Волкостров, Еглов и Рогачев, в которых крестьянствовали, занимались ремеслом, ловили рыбу 2555 человек. На острове Кижи находилось 9 деревень. Территория церковного прихода совпадала в это время с административными границами Кижской волости.
К середине XX века в кижской округе сохранилось только 17 деревень, в том числе две деревни (Ямка и Васильево) на острове Кижи.
Современный вид ансамбль кижских церквей приобрел не сразу. Его формирование происходило постепенно, на протяжении двух столетий (с конца XVII до второй половины XIX века). Знаменитый архитектурный комплекс состоит из 22-главой Преображенской (летней), 10-главой Покровской (зимней) церквей и колокольни. Вокруг церквей, отделяя церковную землю с кладбищем от крестьянских полей, на каменном основании возведена бревенчатая ограда. В настоящее время уникальный комплекс представляет единственный из сохранившихся на территории России ансамбль, созданный по принципу «многоглавие рядом с многоглавием». Приходские храмы на острове Кижи издревле были не только центрами духовной жизни округи, но являлись символом общности огромного крестьянского мира, объединенного экономическими, социальными, родственными узами. Строительство и ремонт церквей велись на средства и стараниями кижских прихожан - землепашцев. Крестьянский мир нанимал артель плотников, следил за добропорядочностью мастеров и в нужное время помогал им рабочей силой. Богатые и бедные жители деревень постоянно жертвовали на свои храмы, тем самым поддерживая их великолепие. По большим церковным праздникам к храму со всей Кижской округи съезжались на лодках люди. Церковный приход на острове Кижи просуществовал до 1937 года. Лишь в 1994 году после более чем 50-летнего перерыва службы в Покровской церкви Спасо-Кижского погоста были возобновлены.
В 1990 году ансамбль Кижского погоста был включен в Список всемирного культурного и природного наследия ЮНЕСКО. С 1993 года музей «Кижи» находится в Государственном своде особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации.
